Инспекция взаимодействует с полномочным представителем Президента Российской Федерации в федеральном округе, проводит проверки территориальных органов ФНС России по соблюдению законодательства о налогах и сборах и валютного законодательства, осуществляет финансовый контроль за деятельностью территориальных подразделений ФНС России, на территории субъектов Российской Федерации, входящих в федеральный округ.