Родился 3 ноября 1957 года в г. Черемхово Иркутской области.

С 1975 г. по 1980 г. - обучение на юридическом факультете Иркутского государственного университета; 1985 г. - защита кандидатской диссертации; 1996 г. - защита докторской диссертации.

С.И. Шишкин - ученый с мировым именем, широко известный своими исследованиями в области конституционного права, муниципального права, развития теории и практики регионального права и законодательства. В 1993 году был членом оперативной группы Президента Российской Федерации по подготовке Конституции Российской Федерации, возглавлял группу разработчиков текста Конституции Российской Федерации о местном самоуправлении. В 2002г. был заместителем председателя комитета по местному самоуправлению Совета законодателей при Президенте Российской Федерации.

Окончил Академию Европейского права (Италия, Флоренция), был приглашенным профессором Русского исследовательского Центра Гарвардского университета (США). Руководил исследованиями в области конституционного права, проводимыми совместно с институтами и вузами США, Германии, Венгрии, Монголии.

В течение двух созывов - депутат Законодательного Собрания Иркутской области. Занимал должности председателя комитета по государственному строительству и местному самоуправлению, заместителя Председателя Законодательного Собрания Иркутской области по правовым вопросам, Председателя Законодательного Собрания. Сергей Иванович в годы работы в Законодательном Собрании Иркутской области был идеологом муниципальной реформы, разработчиком основных принципов муниципального управления в регионе.

Более 25 лет С.И. Шишкин занимает должность заведующего кафедрой конституционного права Юридического института государственного бюджетного учреждения высшего профессионального образования "Иркутский государственный университет". Своей многолетней научно-педагогической и общественной деятельностью внес вклад в реформирование и развитие системы профессионального юридического образования. Является автором более 100 научных работ, включая монографии, учебники, учебные пособия.

Сергей Иванович много лет являлся членом диссертационного совета по защите кандидатских и докторских диссертаций при Омском государственном университете им. Ф.М. Достоевского. Под его руководством подготовлены и защищены кандидатские диссертации по перспективным направлениям развития науки конституционного права. Сергей Иванович был членом научного Совета безопасности при Президенте Российской Федерации. Является председателем редакционного совета научного журнала входящего в список Высшей Аттестационной Комиссии РФ "Сибирский юридический вестник".

С.И. Шишкин награжден нагрудным знаком за заслуги в области высшего образования СССР "За отличные успехи в работе", награжден нагрудным знаком "Почетный работник высшего профессионального образования России", Почетной грамотой Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, "Орденом Дружбы" Монгольской народной республики. С 2002 года - Почетный гражданин города Черемхово.