Трудовая деятельность Ильина А.Э. началась в 1976 г. в Кольском филиале Академии наук СССР им. С.М. Кирова. Работая лаборантом в лаборатории открытых горных разработок, занимался в исследовательской группе вопросами транспортировки апатитового концентрата без пакетирования в соответствующую тару, в результате были устранены недоработки в железнодорожных вагонах, которые приводили к потере концентрата.

После окончания Ленинградского института холодильной промышленности в 1983 году был принят на работу в производственное объединение «Апатит» им. С.М. Кирова, где прошел путь от инженера отдела до главного инженера управления снабжения. В этот период активного развития ПО «Апатит» в рамках «Продовольственной программы СССР» были созданы крупнейшие промышленные мощности по производству апатитового концентрата, в процессе создания которых Ильин А.Э принимал непосредственное участие.

В 1990 г. по решению Областного исполнительного комитета Совета депутатов Мурманской области был создан ряд предприятий по альтернативному снабжению области. В одном из них (ПКП «Синтез») Ильин А.Э., занимая должность заместителя руководителя, принимал участие в создании Комитета по бартерному обмену Северо-Западных областей РСФСР и был избран заместителем председателя Комитета. В этой должности Ильин А.Э. проработал до 1995 г. В последующий период в рамках российско-южнокорейского проекта по экономическому сотрудничеству Ильин А.Э. перешел на работу в качестве заместителя директора в ТОО «Ламинар ЛТД», с 1998 г. в той же должности работал в ООО «ПТП» - предприятии, занимавшемся сервисным обслуживанием ОАО «Апатит».

В 2003 году Ильин А.Э. был приглашен на должность заместителя председателя в Северную торгово-промышленную палату, которая в 2016 году была переименована в Союз «Торгово-промышленная палата Мурманской области» /Северная/ (ТПП МО). В настоящее время Ильин А.Э. занимает должность старшего вице-президента Союза «Торгово-промышленная палата Мурманской области» /Северная/.